จากความจริงที่ว่า ไนโตะ ได้ออกจาก โคโนฮะ ไปพร้อมกับ พลังสถิตร่าง ของ 9 หาง จากนั้นเขาก็เข้าปกครอง หมู่บ้านอาเมะ นั่นทำให้ทั้งโลกแน่ใจได้อย่างชัดเจนแล้วว่าความสำพันธ์ระหว่าง ไนโตะ และ โคโนฮะ ได้ลงไปอยู่ในจุดต่ำสุดเรียบร้อยแล้ว
เป็นผลทำให้ในที่สุดอีก 4 หมู่บ้านใหญ่ก็เริ่มเดินหน้าเตรียมกองทัพที่แข็งแกร่งของพวกเขาเพื่อโจมตี โคโนฮะ!
แม้ว่ามันจะเร็วเกินไป แต่มหาสงครามโลกนินจาครั้งที่ 3 ก็ได้เริ่มขึ้นแล้ว แต่ทรัพยากรของหมู่บ้านหลักทั้ง 4 ก็ยังมีอยู่อย่างจำกัด แต่ถึงอย่างนั้นพวกเขาก็ต้องการแก้แค้น โคโนฮะ เป็นอย่างมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่ง หมู่บ้านซึนะ และ หมู่บ้านคุโมะ
คุณอาจจะบอกว่า ไนโตะ ต่างหากคือที่เป็นคนทำลายหมู่บ้านของพวกเขา! ไม่ใช่ โคโนฮะ!
แต่ใครจะกล้ามาหาเรื่อง ไนโตะ กันละ?!
การฆ่า ฮันโซ และเข้ายึด หมู่บ้านอาเมะ ทำให้ชื่อเสียงของ ไนโตะ โด่งดังขึ้นไปถึงจุดสูงสุด และบางคนก็เริ่มเปรียบเทียบเขากับ เซนจู ฮาชิรามะ โฮคาเงะ รุ่นแรกของ โคโนฮะ
แม้ว่าพวกเขาจะยังไม่คิดว่า ไนโตะ แข็งแกร่งเท่า ฮาชิรามะ แต่ก็ไม่ต้องสงสัยเลยว่าเขาเป็นคนเดียวที่พอจะสามารถเทียบกับ ฮาชิรามะ ได้และเป็น เทพเจ้านินจาคนใหม่ ได้อย่างแท้จริง!
และอีกอย่างหนึ่ง แม้ว่าจะมีปาฏิหาริย์บางอย่างที่ทำให้พวกเขาเอาชนะ ไนโตะ ได้ แล้วพวกเขาจะได้อะไรละ?
ทรัพยากรของ หมู่บ้านอาเมะ ที่มีอยู่อย่างน้อยนิดงั้นเหรอ?!
หมู่บ้านใหญ่ทั้ง 5 ต่างก็ต้องการแสวงหาทรัพยากรมาเป็นของตนเองทั้งนั้น
นี่คือสัจธรรมบนโลกแห่งนี้
ในการ์ตูน ทั้ง 5 หมู่บ้านใหญ่ต่างก็รู้ถึงการมีอยู่ของ องค์กรแสงอุษา แต่ก็ไม่มีใครคิดจะจัดการกับพวกเขา เพราะพวกเขาไม่มีอะไรที่ทั้ง 5 หมู่บ้านใหญ่ต้องการ จนกระทั่ง แสงอุษา แข็งแกร่งขึ้นและเริ่มชิง พลังสถิตร่างของแต่ละหมู่บ้านไป ยิ่งไปกว่านั้น แสงอุษา ยังสามารถคืนชีพ อุจิฮะ มาดาระ ได้สำเร็จและประกาศสงครามกับทั้งโลก เมื่อนั้น ทั้ง 5 หมู่บ้านใหญ่ จึงเริ่มรู้สึกว่าต้องทำอะไรสักอย่าง แต่เมื่อถึงเวลานั้น มันก็สายเกินไปแล้ว แต่เมื่อพวกเขารู้ว่าพวกเขาไม่สามารถจัดการกับสิ่งที่เกิดขึ้นได้ด้วยตนเอง ดังนั้นพวกเขาจึงละทิ้งความบาดหมางในอดีตทั้งหมด และสร้างกองทัพพันธมิตรนินจาขึ้นมา จนในที่สุด พวกเขาก็สามารถยุติสงครามลงได้!
และเมื่อไม่มีใครกล้าที่จะท้าทาย ไนโตะ ดังนั้น ทั้ง 5 หมู่บ้านใหญ่จึงออกคำสั่งให้นินจาของตนที่สอดแนมอยู่ใน หมู่บ้านอาเมะ ห้ามไม่ให้ก่อปัญหาใด ๆ ขึ้นเด็ดขาด!
บางหมู่บ้านถึงกับเรียกนินจาของตนให้ออกจาก แคว้นแห่งฝน เลยทีเดียว
ขณะนั้น มหาสงครามโลกนินจาครั้งที่ 3 กำลังจะเริ่มต้น ทำให้ความกลัวและความตื่นตระหนกแพร่กระจายไปทั่วโลก และก่อให้เกิดเป็นความสับสนและวุ่นวาย แต่ไม่ว่าในโลกจะเกิดอะไรขึ้น หมู่บ้านอาเมะ ก็ยังคงสงบสุขอยู่เช่นเดิม
ชาวบ้านมากมายใน หมู่บ้านอาเมะ รู้สึกเกลียดชัง ไนโตะ และกลัวเขาในตอนแรก
แต่เมื่อชาวบ้านเห็นว่า นินจาจากหมู่บ้านอื่นต่างพากันออกจากหมู่บ้านนี้ไป และหมู่บ้านก็มีความสงบสุขแบบที่ไม่เคยมีมาก่อน จากความกลัวและความเกลียดชังของพวกเขาก็กลายเป็นความเคารพและชื่นชมอย่างถึงที่สุดอย่างรวดเร็ว
แค่ช่วงเวลาเพียงสั้น ๆ ชาวบ้านก็ยกย่อง ไนโตะ ขึ้นไปเหนือกว่า ฮันโซ และพวกเขาก็มองว่า ไนโตะ เป็นเทพเจ้าที่มาช่วยแคว้นของพวกเขาไว้อย่างแท้จริง!
 
…….
หมู่บ้านอาเมะ
อาคารที่สูงที่สุดในใจกลางหมู่บ้าน ทั้งอาคารได้รับการต่อเติมและปรับปรุงใหม่
ที่จุดสูงสุดมีห้องพักขนาดใหญ่ ห้องนั้นคือสำนักงานขิง ไนโตะ ในตอนนี้เขายืนมองออกไปทางหน้าต่างและเฝ้ามองฝนที่ตกลงมา ท่าทางของเขาดูลึกลับและไม่มีใครรู้ว่าเขากำลังคิดอะไรอยู่
เมื่อมีคนเห็นเงาของ ไนโตะ ผ่านทางหน้าต่าง ไม่ว่าพวกเขาจะเป็นนินจาหรือชาวบ้าน พวกเขาก็จะหยุดดูและมองเขาด้วยความเคารพและชื่นชม
ในสายตาของพวกเขา หาก ฮันโซ คือ นินจาครึ่งเทพ ไนโตะ ก็คือ เทพเจ้านินจา!
ไนโตะ เงยหน้าขึ้นไปมองเมฆมืดบนท้องฟ้า จากนั้นดขาก็มองกลับลงมาที่หมู่บ้านอีกครั้ง
ขณะที่ ไนโตะ หันกลับกลับมา ประตูสำนักงานก็เปิดออก
“ครูไนโตะ การเตรียมการทั้งหมดที่ครูให้เราไปทำ เสร็จเรียบร้อยแล้วค่ะ และหน่วยลับของหมู่บ้านอื่นก็หายไปหมดแล้ว”
โคนัน เดินเข้ามาในห้องพร้อมกับเอกสารและโค้งอย่างสุภาพให้ ไนโตะ จากนั้นเธอก็พูดและวางเอกสารไว้บนโตะหน้า ไนโตะ
เมื่อได้ยินแบบนั้น ไนโตะ ก็ยิ้มออกมาแล้วพูดว่า “เธอทำตัวเหมือนกับนินจาคนอื่น ๆ เลยน่ะ แม้แต่น้ำเสียงของเธอก็ดูแปลก ๆ ไป”
แก้มของ โคนัน ค่อย ๆ เปลี่ยนเป็นสีแดงขึ้น พร้อมกับร่องรอยของความละอายใจบนใบหน้าของเธอ แน่นอนว่าเธอให้ความเคารพต่อ ไนโตะ มากขึ้น เพราะตอนนี้ เขาก็เป็นเป็นผู้นำของเธอเช่นกัน
และเธอก็คิดแบบเดียวกับคนอื่น ๆ
ไนโตะ เหมือนเป็นเทพเจ้าอย่างแท้จริง เขาไม่เพียงแต่มีพลังที่สามารถทำให้ทั้งโลกต้องกลัวเขา แต่เขาก็รู้วิธีบริหารจัดการหมู่บ้านด้วย
เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงผู้นำก็จะมีความสับสนเกิดขึ้นภายในหมู่บ้านเสมอ แต่อย่างไรก็ตาม ไนโตะ ก็มีวิธีจัดการหลีกเลี่ยงความวุ่นวายและนำความสงบมาสู่ดินแดนของพวกเขา
ทันใดนั้น โคนัน ก็นึกบางอย่างขึ้นมาได้ เธอจึงพูดออกมาว่า “เออแล้วก็อีกเรื่องหนึ่ง ครูคุชินะ สร้างม่านพลังรอบหมู่บ้านเสร็จแล้วค่ะ จากนี้ไป หมู่บ้านอาเมะ ก็จะปลอดภัยและมั่นคงมากยิ่งขึ้น”
“เรื่องนั้นฉันรู้แล้ว” ไนโตะ พยักหน้า
หมู่บ้านอาเมะ มีขนาดที่เล็กกว่า หมู่บ้านโคโนฮะ ทำให้สัมผัสพิเศษของเขาสามารถครอบคลุมได้ทั้งหมู่บ้าน อย่างไรก็ตามมันก็ยังเป็นเรื่องที่ยากอยู่ที่เขาจะมองทั้งหมู่บ้านด้วยสัมผัสพิเศษได้ตลอดทั้งวัน
และเนื่องจาก หมู่บ้านอาเมะ มีขนาดเล็ก จึงทำให้การสร้างม่านพลังรอบหมู่บ้านทำได้ง่ายกว่าที่ โคโนฮะ
คุชินะ ได้เลือก นินจาอาเมะ ที่เชี่ยวชาญเรื่องนี้แล้วพวกเขาก็เริ่มสร้างมันทันที
และพวกเขาก็ทำมันเสร็จโดยใช้เวลาไม่ถึง 1 เดือน
เพราะเรื่องนี้ทำให้ โคนัน เริ่มให้ความเคารพและชื่นชม คุชินะ และเธอก็เริ่มเรียก คุชินะ ว่า ครู แม้ว่าพวกเธอจะอายุเท่ากันก็ตาม
“ครูคุชินะ เก่งจริง ๆ นอกจากเธอจะเก่งเป็นที่ 2 รองจาก ครูไนโตะ แล้ว เธอยังมีความสามารถที่ยอดเยี่ยมมากอีกด้วย”
โคนัน ยืนถัดไปจาก ไนโตะ จากนั้นเธอก็พูดคำเหล่านี้ด้วยความชื่นชมในน้ำเสียงของเธอ
การได้ยินคำพูดของ โคนัน ทำให้ ไนโตะ ยิ้ม
เมื่อพดถึงเรื่องนี้ ตัว คุชินะ เอง เธอก็อ่อนโยนกับทุกคนและเธอก็รู้สึกมีความสุขในการอยู่ที่นี่เช่นกัน